La sous-sous-série renferme les documents du bureau du district de l'île Manitoulin produits conformément aux divers systèmes de classement. Les volumes 12814 à 12858 représentent les documents du système de classement des lettres mis en place en septembre 1884 par Ottawa à la division 1 de la surintendance du Nord et qu'a continué d'appliquer le successeur de cette dernière, soit l'Agence de Manitowaning. Les dossiers restants forment le document aux Archives nationales qui a été utilisé le plus longtemps et qui s'avère le plus complet de tous les documents de bureaux régionaux pour cette période. Le nouveau système a été conçu pour remplacer l'ancienne méthode de classement (qui enregistrait les lettres reçues en ordre chronologique, les disposait en " dossiers " et les indexait ensuite par nom d'auteur) selon une approche davantage fondée sur les sujets. Après 1884, on introduisait les lettres reçues dans un registre prévu à cette fin et on créait ensuite des dossiers en donnant un numéro de fichier à chacune des lettres de même qu'aux lettres du même genre. On procédera éventuellement à la création d'index sur les sujets pour les registres.
Au cours de l'affectation, certains numéros ont été laissés en blanc et il semble qu'on ait tenté plus tard de remplir ces blancs à l'aide de dossiers connexes, ce qui a entraîné l'établissement d'un système " par blocs/sujets " grossier et fondé sur les cantons. Les lettres courantes ont été fixées par ordre chronologique à une couverture de lin et elles ont ensuite été inscrites de façon uniforme sur une liste au verso. Les réponses aux lettres figurent également sur la couverture et elles sont liées aux registres de la correspondance de l'agence par une référence par numéro de page. Aux environs de la fin de la Première Guerre mondiale, un certain nombre de copies de la correspondance envoyée se sont aussi " retrouvées " sur les couvertures de lin, ce qui a créé un véritable système de fichiers. Le volume 12858 contient quelques fichiers d'un système semblable qui avait été mis en place à l'Agence de Gore Bay vers 1903.
Les documents des Agences de Manitowaning et de Gore Bay touchent principalement les ventes des terres aux bûcherons indépendants et, de façon plus précise, les cessions, les affidavits des tâches d'affectation, les demandes de lettres patentes, le paiement des lots, les lots enregistrés et l'annulation des ventes. Il y a également les dossiers qui traitent du bois d'oeuvre de coupe, des réserves routières, des berges, des rentes et de la répartition de l'intérêt des bandes, et des arriérés.
Les volumes 12680 à 12687 représentent la suite du système de classement de 1884 à la suite de la création de l'Agence de l'île Manitoulin et ils contiennent les dossiers qui démontrent la transition qui s'est effectuée entre ce système et un nouveau système d'enregistrement. En 1950, un système " par blocs/sujets " a été mis en oeuvre dans les agences régionales du ministère des Affaires indiennes. Les codes des dossiers comprennent maintenant un numéro de classification des agences (le numéro de ces documents était d'abord de 19, mais il a plus tard été changé pour le 488) suivi d'un numéro à trait d'union qui indique les divisions des sujets. Les dossiers plus anciens, soit ceux qui se rapportent à 1884, ont été numérotés de nouveau pour que leur numéro soit conforme au nouveau système, quoique les dossiers n'aient pas toujours été utilisés de manière active dans ce système et que la renumérotation n'ait pas toujours été exécutée de façon approfondie ou constante. Par conséquent, des numéros multiples figureront sur les couvertures et, dans de nombreux autres cas, le code numérique des agences n'était pas inscrit sur les dossiers ou sur les documents. Pour cette série, il est arrivé parfois qu'on ajoute des renseignements du genre à l'instrument de recherche en plus de procéder à une identification partielle et qu'on mette l'information entre crochets [ ].
Le volume 12684 contient les dossiers qui ont été créés selon le système de 1884 et qui ont continué d'exister par l'intermédiaire des nouvelles désignations mises en place en 1950. Les volumes 12680 à 12687 portent sur les sujets suivants : organisation et administration, gestion des bandes (général, appartenance à l'effectif des bandes, élections, délibérations des conseils et enrôlement), services d'ingénierie, arts et objets d'artisanat, exploitation agricole, application de la loi, ressources naturelles (chasse, exploitation minière et bois d'oeuvre), rapports sur l'effectif des bandes, éducation, prêts des bandes, statistiques et ventes des terres indiennes.
La sous-sous-série comprend également deux index des sujets traités dans les dossiers. Le volume 12896 a été produit par l'Agence de Sault Ste. Marie comme guide des dossiers que l'on trouve maintenant dans la série de l'Agence (RG10-C-VI), et l'" index des endos des dossiers " que renferme le volume 12925 fait référence de la même manière à un système de fichiers inconnu comprenant de la documentation sur le canton de Gore Bay.
Le volume 12868 comprend de la correspondance diverse (1940-1944) qui concerne les bandes indiennes de Whitefish River et de Point Grondin et qui n'avait pas été classée par les codes de l'agence.
